A partire dal momento in cui la Conferenza Episcopale Argentina assunse la gestione della casa e della chiesa, cominciarono a poco a poco a venire, per motivi di studio, diversi sacerdoti diocesani, dando vita ad una comunità sacerdotale - di fatto - di formazione permanente. Fu sotto la gestione di Don Antonio Cavalieri che si pensò di dare a questa realtà la veste formale di un Collegio Sacerdotale, come per gli altri che già da secoli esistevano a Roma. Così si iniziò con un accordo di convivenza che diede luogo in seguito alla formale creazione del Collegio, con Statuto e Regolamento approvati dall’Assemblea Plenaria della CEA e dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica, che si occupava allora dei convitti clericali dell’Urbe.

La creazione del Collegio Sacerdotale si concretizzò nel 2002, e il suo primo rettore fu il menzionato presbitero Cavalieri. Da allora si sono succeduti quattro rettori. Quasi un centinaio di presbiteri sono stati residenti nel Collegio ed hanno ottenuto i loro titoli di licenza o di dottorato. Sette di loro sono stati nominati vescovi.

Il Collegio dipende dalla Conferenza Episcopale Argentina, la quale esercita le sue funzioni come indicato nello Statuto e nel Regolamento, ed è attualmente vincolata con la Congregazione per il Clero della Sede Apostolica.

La direzione del Collegio è esercitata dal rettore e dal vicerettore, con i quali collabora il direttore spirituale; tutti costoro sono designati per un periodo di tre anni, rinnovabile una sola volta.